細菌やウイルス感染による目の病気が疑われた際に行われます
眼の病気のうち、細菌やウイルス感染が疑われる場合、常に行われる検査です。検査の方法は、患者の分泌物や組織のごく一部を採取して、培養法や顕微鏡などによって細菌やウイルスの種類を特定します。また、薬に対する感受性を調べることも検査の大きな目的になります。
細菌学的検査は、眼の病気の予防と治療方針を決めるために必要で重要な検査ですが、採取方法や検査法は内科や外科の場合と同様、それほど違いはありません。
角膜は殺菌効果の高い涙の膜で覆われ、さらに上皮とボーマン膜で保護されているので、最近や真菌（カビ）による感染は起こりにくくなっています。
しかし、これらの防御壁を超えて病原体が角膜に進入すると、角膜には血管がないので、白血球などの援軍が来ず、ダメージが大きくなってしまいます。
症状が軽く治癒しても、角膜に白斑が残ったりします。また、潰瘍などが悪化すると感染が目の全域に広がり、高度の視力障害や失明の原因にもなります。
異常な場合に疑われること
細菌性結膜炎、角膜ヘルペス、角膜真菌症、角膜潰瘍、点状表層性角膜炎など